大豆种子的形态存在一定的变异，主要体现在形状、大小和颜色上。
　　形状：大豆种子形状各异，有的呈球形，有的呈椭圆形，还有的长椭圆或扁圆形。这些形态的差异主要取决于种子的长、宽、厚的不同比例。
　　大小：大豆种子有大粒、中粒和小粒之分，这主要取决于种子的粒度大小，通常用长、宽、厚的乘积来表示。不同大小的种子在种植和收获时可能会有不同的表现。
　　颜色：大豆种子的颜色也是多种多样的，主要包括皮色和脐色。种皮的颜色有黄色、青色、褐色、黑色等，甚至有的大豆上同时出现两种颜色。其中，黄色大豆最为常见。而种脐的颜色则有黄色、淡褐色、褐色、深褐色、黑色等，有的种脐颜色与种皮相同。